在现代蛋白质组学研究中，靶向蛋白质组学（Targeted Proteomics）因其卓越的定量性能和高重复性，成为生物标志物验证、药物作用机制研究和临床伴随诊断等领域的关键技术手段。与发现型蛋白质组学侧重“广度探索”不同，靶向蛋白质组学强调“深度验证”和“精确定量”，对实验流程的规范性和技术平台的性能提出了更高要求。本文将围绕靶向蛋白质组学的六大核心流程步骤，结合实际应用，帮助科研人员更高效地规划和执行靶向蛋白组项目。

一、靶点蛋白与肽段的筛选设计

✅ 目的：明确检测目标，确保特异性与代表性

· 依据前期数据或文献确定感兴趣的蛋白靶点

· 利用数据库（如UniProt、PeptideAtlas）筛选独特肽段

· 考虑肽段的酶切效率、修饰位点、物化性质

二、内标肽合成

✅ 目的：提高定量准确性，进行绝对定量

· 合成带稳定同位素标记的肽段（如^13C/^15N）

· 与样本中的目标肽共洗脱、共离子化

· 用于校正信号波动，提升批间数据一致性

三、样本前处理与酶解

✅ 目的：获得高质量、可重现的肽段混合物

· 样本裂解（适应不同组织、细胞、血液样本）

· 蛋白定量 + 标准化加样

· 胰蛋白酶酶解 + 脱盐净化

四、质谱方法开发（MRM/PRM）

✅ 目的：建立稳定可重复的靶点检测方法

· 选择三重四极杆或Orbitrap平台

· 针对每个肽段优化碎裂电压、保留时间窗口、离子对

· 控制背景干扰，提高信噪比

五、LC-MS/MS检测与质控

✅ 目的：高灵敏度检测目标肽段，确保数据稳定

· 精准控制进样体积与保留时间

· 设置QC样本和Pool样本交叉检测

· 实施质控指标监测（CV值、内标漂移等）

六、数据分析与结果报告

✅ 目的：从原始数据到可解释的生物学信息

· 使用 Skyline / SpectroDive 进行峰识别与积分

· 结合内标进行归一化与绝对定量

· 提供统计分析、差异显著性评估、可视化图表

靶向蛋白质组学的工作流程每一步都影响数据质量和后续分析解读。从靶点选择到方法建立，再到样本处理和数据分析，任何一处不规范都可能造成定量误差甚至结果偏差。百泰派克生物科技采用高通量质谱平台提供靶向蛋白质组学分析服务，包括MRM和PRM定量蛋白组学分析，以及绝对定量分析。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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